Balkanların en talihsiz ve mazlum milletlerinden birisi olan Boşnakların yaşadığı Bosna-Hersek, tarih sahnesine Roma İmparatorluğu döneminde çıkmıştır. Romanın yıkılmasıyla beraber 1200’lü yıllarda bağımsızlığını kazanmış, müteakip 260 sene özellikle Sırp ve Macarlara karşı kendisini savunmak zorunda kalmıştır. Osmanlıların 1386 yılındaki ilk akınları esnasında Bosna tahtında Kral Tvrtko bulunmaktaydı.
Bosna, 1463 yılında kesin şekilde hâkimiyet altına girinceye kadar, Osmanlı’ya vergi vermeye devam etti. Osmanlı idaresi altına girdikten sonra, bölgede toplu şekilde ihtida hareketleri yaşandı. Böylece, aslında Slav kökenli bir ırk olan Boşnaklar, Osmanlı ile birlikte yeni bir kimlik kazanarak, bölgenin diğer otonom milletleri Sırplar ve Hırvatlardan ayrılmışlardır. Nitekim Bosna’nın efsanevî lideri Aliya İzzetbegoviç konuşmalarında; niçin sık sık İslâm’a vurgu yaptığına dâir bir soruya; “Boşnakları Boşnak yapan; Sırplardan ve Hırvatlarda ayıran dindir. O olmazsa, biz de olmayız.” şeklinde cevap vererek, İslâmî kimliğin kendileri açısından ne kadar hayatî olduğunu vurgulamıştır.
Kanunî Sultan Süleyman döneminde Macar topraklarının da fethiyle bölge idarî olarak yeniden yapılandırıldı. Önceleri sancak olan Bosna, 1580 yılından itibaren eyalet hâline getirildi. Bosna eyaletine bağlı sekiz sancak (Bosna, Hersek, Klis, Pojega, Rahoviçe, Kırka, İzvornik, Yenipazar -Krupa-) bulunmaktaydı. Sonraki dönemlerde bu idarî taksimatta bazı küçük değişiklikler olmuştur. Eyalet merkezi olarak, 1639 yılına kadar Banaluka, sonra Saraybosna, daha sonra da 1851 yılına kadar Travnik tercih edilmiştir. 1878 yılında Avusturya-Macaristan İmparatorluğu’nun eline geçmesine kadar bölge nispeten sükûnet içerisinde yaşamıştır. Fatih Sultan Mehmed’in Ahidnâme’si gereği hiçbir halka ve inanca zulmedilmemiştir.
1918 yılında, 1. Dünya Savaşı’nın akabinde bölge, Sırp, Hırvat ve Sloven Krallığı’nın bir parçası hâline geldi. 1929 yılında ise, Yugoslavya Krallığı içerisindeki dokuz idarî bölümden birisi oldu ve coğrafî sınırlarında değişiklikler yapıldı. 1699 Karlofça Anlaşması’ndan sonra, bölgede yaşayan Müslümanlar defalarca sistematik bir şekilde tehcir ve katliamlara maruz bırakıldı. Bölgede Müslüman nüfusun azaltılması ve Osmanlı’ya ait mirasın kalmaması için akla hayale gelmeyen taktikler uygulandı. Yugoslavya’nın dağılmasından sonra, eski tarihî sınırlara uygun ayrı bir Bosna-Hersek Cumhuriyeti ortaya çıktı. Merkezi, Saraybosna olan yeni Cumhuriyet, 109 cemaate ayrılmıştı.
Kasım 1990’da yapılan demokratik seçimlerin akabinde Aliya İzzetbegoviç Devlet Başkanı seçildi. Ancak bu süreç, milliyetçilik ve bağımsızlık cereyanlarının daha da artmasına sebep oldu. Yugoslavya’dan ayrılmak isteyenlere karşı, Sırpların kontrolündeki federal ordu, bir baskı unsuru olarak kullanıldı. Ekim 1991’de Bosna-Hersek’in egemenliğini ilân etmesine, Cumhuriyet içerisindeki Sırplar karşı çıkarak Müslümanlarla çatışmaya başladılar. Mart 1992’de yapılan ve bağımsızlığın güçlendirilmesini hedefleyen referanduma Sırplar katılmadı; ancak % 99,43 gibi ezici bir çoğunluk bağımsızlık lehine oy kullandı. Türkiye ve diğer bazı ülkeler Bosna-Hersek’in bağımsızlığını tanıdılar. Ancak kısa bir zaman sonra, çoğunluğu Müslümanlardan olmak üzere yüz binlerce insanın ölümüne ve bir milyondan fazla insanın göç etmesine sebep olacak bir iç savaş başlayacak ve 21. yüzyılın başında, medenî olmakla öğünen Avrupa’nın göbeğinde ve Avrupalı devletlerin gözleri önünde tarihin görebileceği en büyük vahşetlerden birisi yaşanacaktır. Bütün bunlara rağmen bugün Bosna-Hersek’te fikrî temellerini Aliya İzzetbegoviç’in attığı bir dönem yaşanmaktadır. Büyük bilge, geçmişte yaşananlarla alâkalı şunları söylemektedir: “Bize yapılan soykırımı unutursak, bunu bir daha yaşamaya mecbur kalırız. Size asla intikam peşinden koşun demiyorum; ama yapılanları da asla unutmayın.”